Si les résultats de la phase 3 sont probants, que le potentiel est réel et qu’un certain nombre d’acteurs sont motivés, une suite à cette étude initiale peut s’envisager. Une fois la dynamique créée, il convient de mettre en place l’organisation et les moyens nécessaires à sa pérennisation et à son développement.
La gestion de l’après « phase 3 » est souvent délicate. Un retour d’expériences internationales sur les pratiques d’écologie industrielle met en évidence ce phénomène. La démarche entreprise dans le département de l’Aube en 2003 a ainsi stagné 18 mois avant qu’une suite ne se dessine. Une telle temporisation peut s’avérer dangereuse pour la crédibilité de la démarche.
La première question à régler concerne l’organisation à mettre en place pour que la dynamique collaborative fonctionne de manière efficace et durable. Plusieurs formules existent, la meilleure étant celle qui est acceptable par tous et qui remporte la plus grande adhésion. D’un point de vue plus fonctionnel, la création d’une association (type loi 1901 en France) semble la formule la plus intéressante : un « objet » est clairement défini, la création de l’entité met ses membres fondateurs sur un pied d’égalité et tous les acteurs impliqués (collectivités, administrations, industriels…) peuvent en général y adhérer. Ce type de structure permet également de recueillir les financements nécessaires au fonctionnement.