Les coûts de la concrétisation d’une synergie dépendent tout d’abord directement des investissements nécessaires pour adapter la qualité de flux sortant au procédé récepteur. Une transformation du flux implique souvent l’achat de nouveaux équipements. Par exemple, l’échange d’un flux de bois destiné à être valorisé dans une chaudière à lit fluidisé peut exiger l’acquisition d’une unité de broyage chez le producteur du flux ou chez le valorisateur.
A l’investissement découlant de ces transformations s’ajoutent les coûts d’exploitation et de maintenance. Des ressources humaines supplémentaires ou formées sont peut être nécessaires au fonctionnement de l’unité de broyage du bois qui aura par exemple besoin d’énergie et d’opérations de maintenance régulières pour fonctionner.
Le statut réglementaire des installations concernées par l’échange peut varier et les procédures nécessaires ont un coût qui s’ajoute à celui de nouvelles contraintes d’exploitation.