D’autres types d’inadéquations liées à des caractéristiques qualitatives des flux ont été relevées. Elles ne concernent que quelques situations particulières.
Tout d’abord, des procédés intègrent déjà des boucles de recyclage pour certaines matières. Leur recyclabilité n’est toutefois pas infinie. Les fibres de cellulose voient par exemple certaines de leurs caractéristiques mécaniques diminuer à chaque cycle. De même, les solvants ne peuvent être régénérés indéfiniment. Les flux de matières « neuves » injectés dans ces cycles assurent leur pérennité en garantissant une qualité minimum exigée par le procédé. Une substitution de ces flux par des flux dont la qualité n’est pas adéquate peut menacer cet équilibre indispensable.
Enfin, ponctuellement, certaines caractéristiques de flux condamnent toute opération de valorisation. Sans être inadapté au procédé récepteur, l’aspect du flux peut décourager un éventuel utilisateur. Par exemple, l’odeur persistante après épuration d’un flux d’eau, ou sa couleur, peuvent condamner des synergies que la pureté de ce flux permet pourtant.