Ces données peuvent être utilisées pour élargir le champ d’investigation lors d’une recherche de synergies. En effet, lorsque des entreprises ont refusé de participer ou n’étaient pas dans l’échantillon de départ, les données sectorielles permettent de leur affecter « virtuellement » un bilan E/S même si elles n’ont pas été visitées. Le code NAF qu’elles déclarent doit toutefois faire partie de la vingtaine de secteurs étudiés. Les profils d’activité peuvent également être utilisés de manière prospective pour identifier des activités qui seraient synergiques avec des entreprises déjà installées sur le territoire.
Si elle offre des perspectives très intéressantes, l’utilisation des données sectorielles souffre tout de même d’une sérieuse limite : l’imprécision. Une entreprise déclarant une activité A peut n’avoir en commun que quelques flux avec le profil type saisi dans la base pour A. Le découpage de la NAF et son utilisation administrative n’est en effet pas conçu pour la recherche de synergies éco-industrielles :

L’utilisation de données précises, recueillies au plus près du terrain, dans les entreprises est donc beaucoup plus fiable et efficace que l’utilisation de données sectorielles.
Isis utilise une méthode de formalisation de flux basée sur des règles simples (flux au singulier, nom littéral) et sur une taxinomie1 à 3 niveaux qui contient plus de 400 types de flux.
Ces règles sont structurantes, mêmes si elles restent largement perfectibles. Une méthode de formalisation de flux assez complexe associée à une ergonomie à parfaire font de la base ISIS un outil d’expert difficilement utilisable, directement sur le terrain, par les participants à une démarche.