Si la réglementation n’impacte que peu les échanges d’eau et d’énergie, la situation est différente pour les flux de matières.
Ces flux de matières peuvent être valorisés pour leur pouvoir calorifique. Utilisés comme combustible de substitution, ils remplacent l’usage de combustibles fossiles classiques : c’est une valorisation « énergétique ».
Ils peuvent également être utilisés pour ce qu’ils sont physiquement : être réutilisés tels quels pour des objets ou recyclés afin de produire de nouvelles matières premières. Ce type de valorisation sera qualifié de valorisation « matière ».
La plupart du temps, ces flux sortant ont un statut de déchet. Ce statut peut s’avérer lourd de conséquences.