La création de boucle de matières implique souvent de travailler avec des flux de déchets qui pourront devenir des matières premières secondaires ou des combustibles. La réglementation sur les déchets va ainsi fortement interagir avec la mise en place des synergies éco-industrielles.
Les matières ayant a être transportées de l’installation qui les produit à celle qui les valorise, la réglementation transport sera également en interaction avec les synergies éco-industrielles.