Ensuite, le bouclage de flux passe par la création d’une multitude de synergies entre les entités d’un territoire.
Ces synergies peuvent consister à remplacer un flux de matières premières par un flux de déchets issu d’un procédé, ou bien remplacer un flux d’eau potable ou d’eau de nappe par un flux d’effluent (eau industrielle) provenant d’une autre entreprise. Enfin, un excédent énergétique non valorisé comme de la vapeur rejetée à l’atmosphère ou de la chaleur contenue dans certains effluents peut également se substituer à des énergies non renouvelables. Il s’agit de synergies de substitution.