Dans la perspective de l'écologie industrielle, il ne s'agit pas d'opposer de manière tranchée les écosystèmes naturels d'un côté, et les écosystèmes industriels de l'autre. Il convient plutôt d'envisager un continuum, allant des écosystèmes plus ou moins « naturels » (relativement peu perturbés par l'Homme) jusqu'aux écosystèmes anthropisés (l'agriculture industrielle), voire entièrement artificiels (l'exemple extrême étant une station spatiale).