L'idée de l'écologie industrielle est assez ancienne, on en trouve des traces dans la littérature scientifique au moins à partir des années 60. Toutefois, jusqu'au début des années 90, il ne s'est agi que de mentions isolées et sporadiques.
Le domaine de l'écologie industrielle proprement dit a émergé suite à la publication d'un article dans le numéro spécial du mensuel Scientific American (Pour la Science, en français) consacré au développement durable.
Ce numéro spécial contenait un article écrit par deux responsables de la recherche environnementale chez General Motors, Robert Frosch et Nicholas Gallopoulos. Dans cet article, les auteurs insistent sur la nécessité d'élaborer un nouveau modèle d'activité économique, ce qui les amène à introduire formellement le concept d'écosystème industriel